این اقتصاددان که به تازگی ریاست دانشکده اقتصاد دانشگاه صنعتی شریف را واگذار کرده، در دوره ای نیز معاون سازمان مدیریت و برنامه و بودجه و رئیس موسسه عالی پژوهش در برنامه ریزی و توسعه و استاد این موسسه بوده است.
وی همچنین در تهیه و تدوین اولین و سومین برنامه پنج ساله توسعه کشور نقش موثری داشته است.
او اکنون عضو هیت علمی دانشگاه شریف و از کارشناسان ارشد اقتصادی کشور است.
اما نیلی در پاسخ به ایسنا در مورد خواسته اش برای کشور در سال 92 به گفته ای کوتاه بسنده کرد و گفت: "شغلی همراه با درآمد را برای جویندگان کار و درآمدی مناسب و شایسته برای شاغلین موجود، آرزو می کنم."